Júpiter es el mayor planeta del Sistema Solar y por su lugar de nacimiento dentro del sistema, acaparó gran parte de la masa que no cayó en los alrededores del Sol. Esa gran masa inicial, le permitió acaparar los gases primordiales de la nebulosa protoplanetaria, estos gases se han conservado gracias a la falta de interacción con corteza sólida y por la baja influencia de la luz y viento solar. Su atmósfera se compone aproximadamente de un 82% de hidrógeno y un 17% de helio. A estos componentes principales hay  que sumarle otros en mucho menor porcentaje como metano, vapor de agua, amoniaco, etano, fosfina, sulfuro de hidrógeno e hidrosulfuro de amonio. La distribución de estos gases, sobre todo de los gases traza, se encuentra muy estratificada según su presión atmosférica y la temperatura de las distintas capas. A partir de ahí, hacia el interior de Júpiter, la transición hasta lo que se puede considerar final de la atmósfera, es lenta y progresiva, hasta llegar a una capa de hidrógeno y helio líquidos, mantenidos así por presiones enormes, a partir de ahí podemos suponer que esos líquidos están sobre una capa de hidrógeno en estado metálico y más abajo podría existir un núcleo rocoso en el centro de Júpiter.

En cuanto a la dinámica atmosférica, las nubes obedecen, como en todos los casos, a los vientos geostróficos, que para el caso particular de Júpiter están dominados por la fuerza de coriolis, ya que una rotación joviana dura un poco menos de diez horas. Esto hace que los vientos sean prácticamente perpendiculares al eje de rotación, mostrando su característica imagen de bandas. Cada banda corresponde a una región atmosférica con distinta presión, o sea, anticiclones o borrascas, además intercalándose, lo que se observa en la alternancia de color entre dichas bandas. Las bandas de anticiclones, de aire más cálido y por tanto más dilatado, tienen el techo nuboso más alto y frío, a esa altura la nube predominante es la de amoníaco, que devuelve el color más claro. La banda contigua, corresponde a una borrasca, de aire más frío con el aire más denso y por tanto con su techo más bajo y cálido que corresponde a la  altura de las nubes de hidrosulfuro de amonio, de color marrón más oscuro.

Otro fenómeno observado recientemente es una especie de conexión entre la banda sub-ecuatorial sur (SEB) y la gran mancha roja (GRS). Cuando la SEB tiene marcadamente un color más oscuro, el rojo de la GRS languidece, mientras que cuando la SEB tiene un tono más blanquecino, el rojo de la GRS se acentúa marcadamente. No hay explicación fidedigna del porqué de esta conexión, pero las pruebas gráficas fueron obtenidas entre junio del 2009 y mayo del 2010.